MAKER安装

准备

基础安装

  1. 下载maker
    从maker官网下载需要学术邮箱注册,可以到genektv FTP直接下载。
    wget ftp://121.42.200.141/pub/software/maker-3.00.0-beta.tgz

  2. 配置
    解压后,进入src目录。
    perl Build.PL
    是否支持MPI,暂时选NO。运行后生成可执行文件 Build.

3.安装依赖Perl模块
./Build installdeps

  1. 安装依赖软件
    * 建议不要选择./Build installexes一步安装,成功的概率不大。 通过下面的命令每个软件分别安装。
  • 测试发现: blast, repeatmasker, augustus等下载很慢。src目录下又个locations文件,存放软件下载路径,可以替换为genektv FTP里的路径。
  • Augustus如果安装不成功,看一下augustus软件下的README,按照说明先安装Boost C++ Libraries等再试。
  • RepeatMasker依赖Repbase重复序列数据库,下载该数据库需要学术邮箱注册,可以安装过程中选择NO,之后从genektv FTP下载,手动解压到RepeatMasker目录。
  1. 安装Maker
    所有必需软件安装完成后,使用./Build install安装MAKER


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