JBrowse基因组浏览器安装

Jbrowse安装

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介绍

使用maker完成基因组注释之后,会得到gff文件,这个文件通常包含几万甚至几十万行,人眼去看是没有意义呢。可以将数据导入到Jbrowse浏览器,来进行数据可视化。

JBrowse官网:http://jbrowse.org/

安装依赖软件

JBrowse依赖的软件包括:libpng, zlib, libgd, make, a C compiler, and a C++ compiler
安装依赖软件,需要管理员权限

Ubuntu / Debian

	
  1. # 更新源
  2. sudo apt-get update
  3. # 安装依赖软件
  4. sudo apt-get install zlib1g-dev libpng-dev libgd2-noxpm-dev build-essential apache2

Red Hat / Fedora / CentOS

	
  1. sudo yum groupinstall "Development Tools"
  2. sudo yum install libpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker apache2

安装JBrowse

下载JBrowse, 到Jbrowse官网下载最新版,也可以在基因课FTP服务器下载

	
  1. # 新建文件夹jbrowse
  2. sudo mkdir /var/www/html/jbrowse
  3. # 修改权限
  4. sudo chown `whoami` /var/www/html/jbrowse
  5. # 下载、解压
  6. cd /var/www/html/jbrowse
  7. wget ftp://121.42.200.141/pub/software/JBrowse-1.12.1.zip
  8. unzip JBrowse-1.12.1.zip

安装

	
  1. cd JBrowse-1.12.1
  2. ./setup.sh

安装常见问题

  • 是否需要管理员权限

安装依赖软件一步是需要管理员权限的。

JBrowse是一个网页应用,需要部署到服务器存放网页应用的目录下,通常为/var/www/html,所以需要的是可以在这个目录里放文件的权限。通常这个目录有管理员权限才能访问。

  • 依赖的perl模块安装失败

可以查看setup.log日志文件,看看缺少哪些模块,然后手动安装。安装方式可以参考基因课的视频课程《Perl模块》

  • 无法访问

可能有很多中原因。
首先,内网的服务器,如果没有公有IP,是不能在外网访问的。
其次,与管理员确定是否安装了apache服务器,是否修改了配置。
还有,ubuntu 14.04开始,/var/www 改为了 /var/www/html。

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