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配置环境变量PATH

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1.不同安装方式

软件安装的步骤包括:下载->配置->编译->安装。
Bioconda是一款类似AppStore的生物信息软件管理工具,可以实现软件的自动化安装全过程。
建议首先选择自动化安装,如果不成功再手动安装:Bioconda自动安装->下载预编译版本->手动安装。

2.Bioconda自动安装

Bioconda官网:https://bioconda.github.io/
查询软件:https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes

2.1安装bioconda

bioconda是conda软件包的一个分支,所以需要先安装conda软件。可以安装miniconda.

#下载miniconda:http://conda.pydata.org/miniconda.html
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
#安装miniconda, 安装过程中安装提示输入yes或回车即可
sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
#重新加载环境变量
source ~/.bashrc

2.2使用bioconda

#配置channel
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

#安装bwa
conda install bwa

#搜索可安装的软件版本
conda search bwa

#安装特定版本
conda install bwa=0.7.12

#查看已经安装的软件
conda list

#升级软件
conda update bwa

#卸载软件
conda remove bwa

3.手动安装

3.1安装预编译版本

如果自动化安装不成功,首选安装作者预先编译的版本。选择时候自己操作系统的版本,通常下载后就可以直接使用。

3.2从源代码安装

不同软件安装方法不同,先看说明文件
常用:

#配置
./config --prefix=/home/zxd/BioSoft/xxx
#编译
make
#安装
make install

3.3配置环境变量PATH

#打印PATH的当前值
echo $PATH

#修改环境变量,在命令行执行只对当前回话有效,添加到~/.bashrc里长期有效
export PATH=$PATH:/home/zxd/BioSoft/xxx

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